Vụ tai nạn nổi tiếng nhất của Yak-42 xảy ra vào ngày 26 tháng 5 2003, khi một chiếc Yak-42-D của hãng hàng không Ukrainian-Mediterranean Airlines đã gặp tai nạn gần Macka, Trabzon (Thổ Nhĩ Kỳ); trong khi đang chở 62 quân nhân Tây Ban Nha đang từ Afghanistan (trong lực lượng ISAF) đến Căn cứ không quân Zaragoza. Tất cả 75 người trên máy bay đều tử nạn. Sau tai nạn này, ở Tây Ban Nha đã nổ ra một vụ scandal giữa các chính khách và dư luận, khi dư luận cho rằng Bộ quốc phòng Tây Ban Nha đã thuê những máy bay rẻ tiền không đáp ứng đủ tiêu chuẩn an toàn hàng không. Vụ scandal này đã làm xấu hình ảnh của bộ trưởng Quốc phòng lúc đó là Federico Trillo. Thêm vào nữa, năm 2004 người ta tiết lộ việc xác minh thi hài đã thực hiện cẩu thả và một số thi hài đã xác định sai danh tính.